Doktorat (PhD) w bioinformatyce i uczeniu maszynowym w diagnostyce infekcji i lekooporności

O stanowisku

Wydział Biotechnologii na Wydziale Zastosowanej Ekologii, Nauk Rolniczych i Biotechnologii (ALB) na University of Inland Norway (INN) zaprasza wyjątkowych kandydatów do składania aplikacji na stanowisko doktoranckie. Stanowisko będzie trwało trzy lata. Wybrany kandydat będzie pracował w Katedrze Biotechnologii. Kandydat zostanie przyjęty do programu doktoranckiego INN w zakresie ekologii stosowanej i biotechnologii, a kandydat musi pracować z wyznaczonego miejsca pracy w Hamar.

Powołany doktorant będzie pracował w zespole profesora Rafi Ahmad. Grupa Ahmad jest również częścią Norweskiej Sieci Monitorowania Rezystomu One Health (NORSE), krajowej sieci 13 norweskich instytucji. Grupa jest także częścią Microbiology Matters (MiMa), szkoły doktorskiej z praktycznym związkiem z życiem zawodowym, która koncentruje się na koncepcji One Health i chorobach zakaźnych. Grupa jest także afiliowana przy National Center of Expertise, Heidner Biocluster.

Wybrany kandydat będzie pracował w rozwijającym się środowisku naukowym, obejmującym pracowników naukowych, doktorantów i stypendystów badawczych o wiedzy naukowej obejmującej metody teoretyczne (uczenie maszynowe, biostatystyka i bioinformatyka) oraz metody eksperymentalne (genomika, biologia molekularna, mikrobiologia kliniczna, mikroskopia i spektroskopia).

O projekcie

Wybrany kandydat dołączy do projektu BioAI, finansowanego przez Hedmark Fylkeskraft, który ma na celu utworzenie Centrum Innowacji Biotechnologicznych w Innlandet skoncentrowanego na nowatorskich badaniach w dziedzinie biotechnologii i sztucznej inteligencji. Projekt doktorancki zajmie się zakażeniami bakteryjnymi wywołanymi przez oporność na antybiotyki (AMR), będącą poważnym globalnym zagrożeniem dla opieki zdrowotnej i społeczeństwa. Przy niewielkiej liczbie nowych klas antybiotyków opracowanych w ostatnich dziesięcioleciach oraz powszechnym nieodpowiednim stosowaniu istniejących leków, opcje leczenia stają się coraz bardziej ograniczone. Jednocześnie antybiotyki są często przepisywane bez zidentyfikowania patogenu sprawczego lub jego profilu oporności.

Wybrany kandydat będzie również współpracował i wnosił wkład w projekty UTI-Diag i OH-AMR-Diag finansowane przez Research Council of Norway. Proszę znaleźć szczegóły projektów tutaj:
https://www.inn.no/english/research/research-projects/UTI-Diag/
https://www.inn.no/english/research/research-projects/OH-AMR-Diag/

Głównym celem tych projektów jest opracowanie systemu diagnostycznego typu proof-of-concept do podejmowania decyzji, umożliwiającego szybkie, dokładne i czułe wykrywanie zakażeń na miejscu, identyfikację patogenów, charakterystykę profili oporności oraz przewidywanie wrażliwości na antybiotyki.

Główne obowiązki

• Utrzymywanie i dalszy rozwój pipeline'u do identyfikacji patogenów z danych sekwencjonowania następnej generacji, w tym danych sekwencjonowania ONT.
• Projektowanie i implementacja nowej wersji oprogramowania grupy do wykrywania patogenów, Voyager.
• Wkład w rozwój algorytmów do analizy sekwencji i powiązanych problemów obliczeniowych.
• Ścisła współpraca z badaczami laboratoryjnymi i partnerami klinicznymi, tłumaczenie między perspektywami obliczeniowymi i eksperymentalnymi.
• Podejmowanie dodatkowych zadań badawczych z zakresu obliczeń, które pojawią się w ramach szerszego programu badawczego grupy.
• Zakończenie pracy doktorskiej oraz związanych z nią kursów w okresie 3-letniego stypendium.

• Proszę odnieść się do naszych najnowszych publikacji, które podkreślają naszą pracę.
  •    https://www.nature.com/articles/s41467-025-66865-8
  •    https://link.springer.com/article/10.1186/s12859-025-06266-2
  •    https://www.frontiersin.org/journals/microbiology/articles/10.3389/fmicb.2023.1154620/full
  •    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.13.589333v1
  •    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.10.08.681127v1
  •    https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/14787210.2026.2625382
   

Kwalifikacje

Wymagane jest, aby doktorant kwalifikował się do przyjęcia do programu doktoranckiego Uniwersytetu w zakresie ekologii stosowanej i biotechnologii. Kandydaci, którzy już posiadają stopień doktora, nie będą brani pod uwagę. Kandydaci, którzy złożyli pracę magisterską do oceny przed terminem, mogą ubiegać się o stanowisko, jednak ostateczna dokumentacja musi zostać uzyskana przed złożeniem oferty zatrudnienia.

Aby zostać przyjętym do programu doktorskiego, kandydat powinien zwykle posiadać minimum stopień magistra lub wykształcenie magisterskie (120 punktów, §3 magister w systemie norweskim) z bioinformatyki, biologii obliczeniowej, uczenia maszynowego, informatyki lub blisko spokrewnionej dziedziny.

Ponadto musisz mieć silne podstawy akademickie z poprzednich studiów, tj. średnią ocenę B lub lepszą w programie magisterskim (120 punktów) lub równoważne wykształcenie. Średnia ocen jest obliczana na podstawie punktów za każdy kurs oraz pracę magisterską. Kandydaci z niższymi ocenami niż zwykle wymagane do przyjęcia muszą wykazać, że są w stanie ukończyć stopień doktora. W przypadkach, gdy wykształcenie zostało zatwierdzone na podstawie ocen zalicz/niezalicz, kandydat jest przyjmowany po indywidualnej ocenie. Jeśli posiadasz wykształcenie z zagranicy, możesz skontaktować się z NOKUT w celu zatwierdzenia wykształcenia; alternatywnie podobna ocena zostanie przeprowadzona w ramach procesu aplikacyjnego.

Wymagane kwalifikacje

Wymagane kwalifikacje to:

• Silne praktyczne doświadczenie programistyczne w jednym lub więcej językach: C++, Rust i Java.
• Dobra znajomość linii poleceń/bash oraz ogólne umiejętności skryptowe.
• Udokumentowana wcześniej zdolność do pracy z problemami algorytmicznie wymagającymi.
• Doświadczenie z pipeline'ami bioinformatycznymi, danymi sekwencyjnymi (w szczególności long-read/ONT) lub szerzej z genomiką.

Pożądane kwalifikacje

• Doświadczenie z metodami uczenia maszynowego / AI.
• Doświadczenie z biologią zakażeń i/lub AMR.
• Doświadczenie we współpracy w zespołach interdyscyplinarnych, które obejmują naukowców eksperymentalnych/laboratoryjnych.

Kandydat musi również wykazać biegłość w mówionym i pisanym języku angielskim. Kandydaci z krajów nieanglojęzycznych muszą udokumentować znajomość angielskiego poprzez zatwierdzony test (TOEFL, IELTS, Cambridge Certificate in Advanced English (CAE) lub Cambridge Certificate of Proficiency in English (CPE)). Dodatkowe uwzględnienie zostanie przyznane tym z silnymi umiejętnościami pracy zespołowej i komunikacji oraz tym z udokumentowanymi publikacjami naukowymi.

Ocena kandydatów na stanowisko będzie oparta na kompleksowej ocenie wykształcenia, doświadczenia, przydatności osobistej, motywacji i innych wymogów kwalifikacyjnych, jak określono w ogłoszeniu. Ponadto podkreślone zostaną: jakość opisu projektu, udokumentowana samodzielna praca badawczo-rozwojowa lub doświadczenie istotne dla projektu.

Stanowisko i związane z nim zadania muszą być wykonywane zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa i regulacjami dla pracowników rządowych, w tym również Ustawą o kontroli eksportu towarów, usług i technologii strategicznych itp. Kandydaci, którzy po ocenie aplikacji i załączników wejdą w konflikt z kryteriami tej ustawy, nie będą mogli objąć stanowiska w University of Inland Norway. Niezbędne zatwierdzenia muszą być utrzymywane przez cały okres zatrudnienia.

Jak aplikować

Aplikacja i załączniki muszą być złożone elektronicznie i zawierać następujące elementy:

• List motywacyjny podsumowujący motywację kandydata i w jaki sposób spełnia wymagania stanowiska.
• CV (podsumowanie wykształcenia i doświadczenia zawodowego).
• Kopie świadectw/wyciągów ocen.
• Minimum dwóch referencji z pełnymi danymi kontaktowymi.
• Pełna lista publikacji naukowych i innych.

Załączniki muszą być przesłane jako oddzielne pliki. Jeśli załączniki przekraczają 30 MB, należy je skompresować przed przesłaniem. To obowiązek kandydata, aby upewnić się, że wszystkie załączniki zostały przesłane. Dokumenty przesłane po upływie terminu nie będą brane pod uwagę w ocenie aplikacji.

Jeśli oczekujesz na ostateczną dokumentację magisterską, prosimy o przesłanie pracy magisterskiej i wyciągu ocen.

Oferujemy

• Współpracę w ramach multidyscyplinarnego zespołu składającego się z mikrobiologów, specjalistów ML/AI, bioinformatyków, pracowników medycznych i fizyków.
• Dostęp do nowoczesnej infrastruktury obliczeniowej.
• Udział w stymulującym i wpływowym projekcie, który wnosi pozytywny wkład dla społeczeństwa, oferując możliwości zarówno rozwoju osobistego, jak i naukowego.
• Intelektualnie stymulujące środowisko pracy z dynamicznymi kolegami skupionymi na krytycznym i szybko rozwijającym się polu badań.
• Elastyczne i samodzielne warunki pracy, gdzie kandydaci mają znaczną autonomię. Codzienna interakcja z utalentowanymi i zmotywowanymi kolegami.
• Stanowisko jest płatne i przypisane do kodu stanowiska 1017, doktorant w Government Salary Scale (stopień płacowy LT 54).
• Ubezpieczenie na życie i ubezpieczenie od urazów w pracy są wliczone. Składki emerytalne do Statens pensjonskasse (Państwowy Fundusz Emerytalny) będą automatycznie potrącane. Wszyscy mieszkańcy Norwegii są automatycznie objęci norweskim publicznym systemem opieki zdrowotnej.

Więcej informacji o Uniwersytecie INN jako pracodawcy można znaleźć tutaj.

Informacje ogólne

W celu uzyskania dalszych informacji o stanowisku prosimy o kontakt z profesorem Rafi Ahmad, rafi.ahmad@inn.no, +4762517845

INN wierzy, że siła tkwi w inkluzji i różnorodności. Chcemy pracowników o różnych kompetencjach, profesjonalnych kombinacjach, doświadczeniach życiowych i perspektywach, aby przyczynić się do jeszcze lepszego sposobu rozwiązywania problemów. Ułatwimy pracownikom, którzy potrzebują wsparcia w realizacji swoich celów. Odpowiednie dostosowania mogą obejmować, na przykład, pomoce techniczne, dostosowanie mebli lub zmianę rutyn, zadań w pracy i godzin pracy.

Jeśli istnieją wykwalifikowani kandydaci z niepełnosprawnością, przerwami w CV lub pochodzeniem imigranckim, wezwiemy co najmniej jednego kandydata z każdej z tych kategorii na rozmowę kwalifikacyjną. Aby być rozważanym jako kandydat w tych grupach, kandydaci muszą spełniać określone wymagania. Możesz przeczytać więcej na ten temat tutaj: https://arbeidsgiver.difi.no/positivsaerbehandling.

Zachęcamy aplikantów do zaznaczenia w Jobbnorge, jeśli mają niepełnosprawność, lukę w CV lub pochodzenie imigranckie. Zaznaczenia w portalu poszukujących pracy stanowią podstawę do anonimowych statystyk, które wszystkie przedsiębiorstwa państwowe raportują w swoich rocznych raportach

Informacje o kandydatach mogą zostać upublicznione, nawet jeśli kandydat poprosił o niewymienianie jego nazwiska na liście osób, które aplikowały. O kandydacie należy powiadomić, jeśli prośba o pominięcie nie zostanie uwzględniona.